Бугарската Православна Црква и Вселенската патријаршија ги јакнат меѓусебните релации. Вартоломеј, заедно со уште двајца владици на БПЦ, отслужи историска литургија во железната црква во Истанбул, со што стана првиот Патријарх што служел литургија во т.н црква на расколот.
-Навистина познато е дека овој храм беше пробниот камен за горчината и негативниот резултат на црковните дела кои го засегаа бугарскиот народ. Но бидејќи нема зло кое не е надминато со добро, т.н. бугарско прашање им покажа на сите дека само во единство и дослух Црквата ја исполнува од Бога дадената мисија во светот. Поделбите, затворањето во себе си, лажното чувство на самодоволност и комплетност, несогласувањата и на крајот шизмите, расколоте, го намалуваат спасителното присуство на Црквата, ги одвраќа верниците од новиот живот во Христос и на тој начин ја уништуваат заедницата на љубовта во верата, изјавил Вартоломеј по литургијата.
Црквата Свети Стефан во Фанар, популарната железна црква е изградена 1890 година со султански ферман како црква на егзархијата, која исто со султански ферман е создадена 1870 година.
На истото место каде сега се наоѓа храмот во 1849 година дрвена куќа се користела како импровизирана црква во која служел митрополит на Вселенската патријаршија, но со дозвола за литургии на словенски јазик. Подоцна ова место ќе стане седиште на Егзархијата и ќе функционира се до Балканските војни.
По 1945 година, кога Вселенската патријаршија ја симнува шизмата од бугарската црква, до денес храмот е под јуриуздикција на Вселенската патријаршија.
Јакнењето на релациите меѓу Фанар и Софија се случува интензивно изминатите две години и се поклопува со процесот што Вселенската патријаршија го почна за решавање на македонското црковно прашање. Одлуката на Фанар за возобновување на Охридската Архиепископија предизвика напнатост во црковна Софија. Зачестените контакти и на црковните и на државните бугарски власти неофицијално се толкува како обид да се убеди Вселенската патријаршија да се откаже од впишување на Охридската архиепископија во Диптихот на автокефални цркви.
